การควบคุมภายในที่ดีจะช่วยป้องกันข้อผิดพลาดที่อาจเกิดขึ้น และทำให้เกิดความมั่นใจได้ว่าการคำนวณเงินเดือนค่าแรงพนักงานแต่ละคนถูกต้อง จ่ายให้กับพนักงานที่เป็นบุคคลที่ถูกต้องหรือมีตัวตนอยู่จริงเท่านั้น หลักสำคัญของการควบคุมภายในมีดังนี้
1. การแบ่งแยกหน้าที่ออกจากัน กล่าวคือหน้าที่จดเวลาหรือรวบรวมเวลาทำงานและหน้าที่คำนวณค่าแรงของคนงานควรจะแยกออกจากหน้าที่จ่ายเงินค่าแรง ทั้งนี้เพราะหากให้บุคคลใดบุคคลหนึ่งทำหน้าที่ตั้งแต่ต้นจนสิ้นสุดทำให้เกิดการทุจริตได้ง่าย
2. ควรใช้นาฬิกาบันทึกเวลาการทำงานของพนักงานแต่ละคนในบัตรลงเวลาการทำงานควบคู่กับการบันทึกเวลาการทำงานในสมุดบันทึกการทำงานแต่ละวัน โดยผู้มีหน้าที่รับผิดชอบเซ็นชื่อกำกับเพื่อป้องกันไม่ให้เกิดการรูดบัตรแทนกัน หรือรูดบัตรไม่ได้ทำงานจริง ในกรณีของกิจการขนาดเล็กอาจไม่จำเป็นต้องใช้นาฬิกาในการจดเวลา แต่ ใช้ระบบการเซ็นต์ชื่อกำกับในบัตรลงเวลาแทนเนื่องจากการควบคุมได้ทั่่วถึง
3. จัดให้มีการสอบทานซึ่งกันและกัน เช่น แผนกบัญชีเงินเดือน ค่าแรงเป็นผู้จัดทำใบสำคัญสั่งจ่ายแผนกการเงินเป็นผู้ตรวจสอบก่อนที่จะเสนอใบสำาคัญสั่งจ่ายอนุมัติถ้าเป็นกิจการขนาดเล็กอาจจะให้พนักงานคนหนึ่งทำและอีกคนหนึ่งเป็นผู้ตรวจ
4. จัดทำทะเบียนรายชื่อพนักงานและอัตราค่าจ้าง โดยมีหัวหน้าฝ่ายบุคลากรเซ็นต์อนุมัติและในกรณีที่โยกย้ายพนักงาน พนักงานเข้าใหม่พนักงานลาออก ต้องได้รับการอนุมัติ เช่น กันทั้งนี้เพื่อป้องกันไม่ให้เกิดการจ่ายเงินเดือนค่าแรงให้กับพนักงานที่ไม่มีตัวตน และแจ้งให้ฝ่ายบัญชีทราบเพื่อยกเลิกการคำนวณค่าแรงและตัดออกจากรายการทะเบียนพนักงาน
5. หัวหน้าแผนกต่าง ๆ ที่เกี่ยวข้องจะต้องอนุมัติอัตราค่าแรงก่อนทุกครั้ง หากมีการเปลี่ยนแปลงเพื่อขึ้นหรือลดลง หรืออาจกำหนด ให้ผู้รับผิดชอบเกี่ยวกับอัตราค่าแรงเซ็นต์อนุมัติอีกครั้งก่อนจัดทำ ใบสำคัญจ่ายเพื่อป้องกันไม่ให้เกิดการจ่ายเงินเกินจริง
6. กรณีจ่ายเงินเดือนค่าแรงเป็นเงินสดควรจะมีการวางระเบียบให้พนักงานที่รับเงินเดือนต้องมีบัตรประจำตัวมาแสดงและตรวจสอบก่อนจ่ายเงิน แต่หากผู้จ่ายเงินมีความคุ้นเคยและรู้จักพนักงานดีอยู่แล้ววิธีการนี้ ก็อาจไม่จำเป็น ทั้งนี้ การวางระบบดังกล่าวเพื่อป้องกันการจ่ายเงินเดือนค่าแรงผิดตัว
7. กำหนดระเบียบการลงเวลาการปฏิบัติงานที่ชัดเจน พร้อมบทกำหนดโทษ เพื่อป้องกันการตอกบัตรแทนกันและไม่มาปฏิบัติงานและจัดให้เครื่องตอกบัตรลงเวลาวางในพื้นที่ที่ดูแลได้อย่างทั่วถึงมองเห็นได้ง่ายและอยู่ ใกล้หน่วยงานที่ รับผิดชอบ
8. เงินเดือนค่าแรงที่ยังไม่มีพนักงานผู้ใดมารับ ควรมอบให้บุคคลหนึ่งบุคคลใดเป็นผู้ดูแลโดยเฉพาะและเก็บเงินไว้ ในที่ที่ปลอดภัย
